Daňové a účetní novinky. Co musíte v roce 2026 znát?

1. Povinný audit a nové kategorie účetních jednotek
2. Limit 40 mil. Kč pro osvobozený prodej investic a krypta u fyzických osob
3. Jednotné měsíční hlášení zaměstnavatelů (JMHZ)
4. Flexinovela zákoníku práce
5. Změny povinností zaměstnavatele v oblasti zdravotního pojištění
6. Promíjení příslušenství daně
7. ViDA – VAT in the Digital Age
8. EMPORION – velká kontrolní akce e-shopů

1. Velikost účetní jednotky a povinný audit

Novela zákona o účetnictví vyhlášená v září 2025 přinesla mimo jiné zvýšení limitů pro zařazení podniků do kategorií „mikro, malá, střední, velká“ a zároveň mění pravidla pro povinný audit.

S účinností od 1. 1. 2026 se povinný audit již nebude týkat malých účetních jednotek, ale pouze středních a velkých. Dle přechodných ustanovení novely zákona se navíc zvýšené limity použijí již pro posuzování kritérií za účetní období skončené 31. prosince 2024. To může znamenat pro některé společnosti, které se připravovaly na přesun do vyšší kategorie, setrvání v kategorii původní.

.Malá“ jednotka se nově vejde až do cca 120 mil. Kč aktiv a 240 mil. Kč ročního obratu a 50 zaměstnanců (při splnění 2 ze 3 kritérií).

Důležité pro e-shopy: Typický samostatný e-shop, který má i vyšší desítky milionů obratu, se tak od roku 2026 může z povinného auditu „propadnout“ do menší kategorie a audit už pro něj nebude zákonnou povinností.

Nové limity:

Změna může přinést řadě společností úlevu od administrativních nákladů spojených s povinným auditem.

Doporučujeme však zjistit, zda není audit vyžadován i ze strany bank či investorů. Zároveň připomínáme, že pro zachování lhůty pro podání přiznání k dani z příjmů právnických osob v prodlouženém termínu 6 měsíců po uplynutí zdaňovacího období je v případě, kdy společnost nepodléhá povinnému auditu, nutno podat přiznání prostřednictvím daňového poradce.

2. Limit pro osvobození při prodeji cenných papírů, podílů a kryptoaktiv

Limit pro osvobození při prodeji cenných papírů, podílů a kryptoaktiv ve výši 40 mil. Kč, který přinesla změna zákona o dani z příjmů s účinností od 2025, byl opět novelizován.

Novela účinná od roku 2026 tento limit u prodeje cenných papírů a podílů ruší. Nadále tak zůstává limitace pouze u osvobození při prodeji kryptoaktiv. Příjmy z prodeje cenných papírů a obchodních podílů budou od 2026 (stejně jako před rokem 2025) plně osvobozeny od daně, pokud dojde ke splnění zmíněného časového testu pro jejich držbu.

Přečtěte si více: Zrušení limitu pro osvobození příjmů z prodeje obchodních podílů a cenných papírů

3. Jednotné měsíční hlášení zaměstnavatelů (JMHZ)

Pilotně již v průběhu roku 2025 a definitivně od 2026 přichází v rámci nového zákona tzv. Jednotné měsíční hlášení zaměstnavatelů (JMHZ). Jde o digitalizační projekt státní správy, který má za pomoci centralizace dat snížit administrativní zátěž a zjednodušit komunikaci mezi zaměstnavateli a státní správou.

Dle státní správy by měl JMHZ nahradit až 25 různých hlášení na více úřadů, jako např. Úřad práce, ČSSZ, zdravotní pojišťovny. Zaměstnavatel bude posílat elektronicky jedno měsíční hlášení za všechny zaměstnance, a to včetně Dohod o provedení práce a Dohod o pracovní činnosti.

Hlavní milníky:

• Od 1. 7. 2025 – start pilotního provozu pro dobrovolně zapojené zaměstnavatele.
• OD 1. 1. 2026 – účinnost zákona o JMHZ.
• Od 1. 4. 2026 – povinnost podávat JMHZ za běžné období (a zpětné doplnění za leden–březen 2026 v období duben až červen 2026).
• Od 1. 7. 2026 – povinnost (alespoň částečné) evidence všech zaměstnanců před okamžikem zahájení výkonu práce.

Je nutné si uvědomit, že systém JMHZ sice zredukuje počet formulářů zasílaných zaměstnavatelem různým institucím, ale rozhodně nedochází k redukci hlášených údajů, naopak. Stát získá v rámci jednoho systému přehled o všech zaměstnancích a uzavřených dohodách, souběhu zaměstnání a odvodů, duplicitním uplatnění daňových zvýhodnění apod. Díky zpřísnění pravidel registrace zaměstnanců a shromáždění informací v rámci jednoho systému bude mít stát rovněž mnohem účinnější nástroje v boji proti nelegálnímu zaměstnávání nebo zastřenému pracovněprávnímu vztahu.

V rámci přípravy na jednotné hlášení doporučujeme zrevidovat vaše interní procesy a směrnice, včas získat chybějící údaje od svých zaměstnanců a zajistit, aby byl jejich mzdový či personální systém správně nastaven. Je také nutné pamatovat na to, že od července 2026 bude nutné hlásit všechny zaměstnance ještě před začátkem výkonu práce, což může prodloužit dobu mezi náborem a nástupem do zaměstnání.

Zákon počítá s vysokými pokutami za neodeslání jednotného měsíčního hlášení. Výše sankcí se bude odvíjet od počtu zaměstnanců a u velkých firem může teoreticky dosáhnout i desítek až stovek milionů korun.

Více se dozvíte: Jednotné měsíční hlášení: reportingová výzva pro zaměstnavatele

4. Flexinovela Zákoníku práce

Od 1. 6. 2025 vstoupila v účinnost tzv. Flexinovela Zákoníku práce přinášející řadu opatření, která by dle státní správy měla posilovat konkurenceschopnost zaměstnavatelů, chránit práva zaměstnanců a podporovat lepší slaďování pracovního a rodinného života.

MPSV uvádí na svých webových stránkách jako hlavní opatření flexibilní novely zákoníku tyto body:

• Práce na dohodu během rodičovské
• Garance návratu po rodičovské na původní pozici
• Výpovědní doba začne běžet dnem doručení
• Jednoměsíční výpovědní doba při porušení kázně nebo nesplnění požadavků
• Náhrada při ukončení pracovního poměru ze zdravotních důvodů
• Kratší odpočinek při krizových zásazích
• Delší zkušební doba
• Práce pro mladistvé od 14 let během prázdnin
• Rozšíření započitatelné praxe
• Volno při úmrtí blízké osoby nově v rozsahu celých dnů
• Volno při hledání nového zaměstnání
• Náhrada mzdy za den konání svatebního obřadu
• Volno při doprovodu blízkého do zdravotnického nebo školského zařízení
• Rozšíření vlivů při znemožnění cesty do zaměstnání.

Mimo to bychom rádi uvedli další témata, kterých se novela týká, např.:

• Úprava zákazu mlčenlivosti o odměňování – novela zakazuje zaměstnavateli omezovat zaměstnance v nakládání s informacemi o výši a struktuře jeho mzdy, platu nebo odměny z dohody.
• Řetězení pracovních poměrů na dobu určitou – nově bude umožněn neomezený počet opakování pracovního poměru na dobu určitou v případě zástupu po dobu mateřské, otcovské a rodičovské dovolené.
• Výplata na bankovní účet – nově bude preferovaná výplata mzdy na účet a v hotovosti se bude vyplácet pouze v zákonem stanovených případech.

Čtěte více: Flexinovela zákoníku práce

5. Změny povinností zaměstnavatele v oblasti zdravotního pojištění

Rok 2026 přináší zásadní změny v oblasti zdravotního pojištění, které se dotknou všech zaměstnavatelů, HR specialistů i mzdových účetních. Nová legislativa mění pravidla pro odvody pojistného u pečujících rodičů a zároveň zavádí povinnou elektronickou komunikaci se zdravotními pojišťovnami. Konkrétně nás čekají následující změny:

• Povinná elektronická komunikace se zdravotními pojišťovnami
• Změny v kategorii státních pojištěnců – pečující rodiče
• Rozšíření okruhu osob, které se nepovažují za zaměstnance
• Zjednodušené oznamovací povinnosti zaměstnavatelů

6. Promíjení příslušenství daně (penále, pokuty, úroky z prodlení)

Od 1. července 2025 vstoupila v účinnost novela daňového řádu, která mj. mění pravidla pro promíjení penále. Nově zákon umožňuje, aby správce daně prominul penále až do 100 % jeho výše (dříve do 75 %). Rozhodující je, zda příčina vzniku penále byla způsobena okolnostmi, které lze s přihlédnutím k danému případu ospravedlnit.

V souvislosti s tímto rovněž GFŘ vydalo aktualizovaný Pokyn D-72 k promíjení příslušenství daně, který mění některé prvky rozhodování na straně Finanční správy v případech, kdy poplatníci žádají o promíjení pokuty za opožděné podání přiznání nebo o promíjení části daňového penále či úroků z prodlení. Pokyn rovněž rozšiřuje seznam ospravedlnitelných důvodů, kdy lze prominout pokutu za opožděné tvrzení daně.

Pokud např. sami zjistíte chybu ve své daňové povinnosti, podáte dodatečné daňové tvrzení a doplatíte daň, máte větší šanci, že vám bude příslušenství daně významně sníženo, případně až zcela prominuto, pokud k chybě došlo z „ospravedlnitelného důvodu“.

7. ViDA – VAT in the Digital Age

Evropská unie pokračuje ve snaze modernizovat a digitalizovat systém daně z přidané hodnoty. Výsledkem několikaletého procesu je nová legislativa, které se souhrnně říká „ViDA“ (VAT in the Digital Age). Tato směrnice a související nařízení, které vstoupily v platnost 14. dubna 2025, se dělí na tři základní pilíře: digitální výkaznictví, rozšíření zvláštního režimu jednoho správního místa, nová pravidla pro digitální platformy.

Zákonodárce členských států nyní čeká nejen implementace této směrnice do místních legislativ, ale i technická příprava v těchto oblastech:

1. Digitální výkaznictví a e-fakturace (od 1. 7. 2030)
2. Rozšíření režimu jednoho správního místa (One-Stop-Shop) (od 1. 7. 2028)
3. Nová pravidla pro digitální platformy (od 1. 1. 2027).

Čtěte více: DPH systém čekají opět změny, a to prostřednictvím směrnice ViDA

8. EMPORION: kontrolní akce Finanční správy zaměřená na e-shopy

Na konci srpna 2025 zahájila Finanční správa rozsáhlou kontrolní akci EMPORION zaměřenou na e-shopy. První vlna se týká 85 e-shopů, u kterých stát odhaduje nepřiznané tržby přes 734 mil. Kč. Druhá vlna se má zaměřit na e-shopy, které sice tržby vykazují, ale v poměru k jejich online aktivitě jsou „podezřele nízké“.

Finanční správa přitom plánuje využít digitální stopy, jako např. data bank a platebních bran, údaje poskytovatelů platebních služeb, návštěvnost e-shopů, cenové srovnávače, recenze a popularitu značky nebo interní benchmarky. Pokud Finanční správa zjistí nesrovnalosti, může doměřit daň, vyměřit penále až 20 % z doměřené částky a zároveň účtovat úroky z prodlení. V případě, že jde o rozsáhlé a úmyslné krácení, hrozí i předání věci policii a trestní řízení.

Dobrou zprávou je, že pokud e-shop podá dodatečné daňové přiznání dříve, než přijde kontrola, lze díky pokynu D-72 výrazně snížit penále. Úrok z prodlení sice zůstává, ale lze požádat o jeho prominutí, pokud e-shopař včas daň doplatí a splní další zákonné podmínky.

Více se dozvíte tu: Co znamená akce Emporion pro české e-shopy